เนื้อหาของเกมโชกุน 2 เกิดขึ้นในยุคศักดินาญี่ปุ่นช่วงคริสต์ศตวรรษที่ 16 หลังสงครามโอนิน ประเทศได้แตกออกเป็นแคว้นเล็กแคว้นน้อยภายใต้อิทธิพลของตระกูลต่าง ๆ ที่แข่งขันกัน นำโดยขุนศึกท้องถิ่น ซึ่งต่างฝ่ายต่างก็พยายามต่อสู้เพื่อครอบครองประเทศ ผู้เล่นจะรับบทเป็นหนึ่งในขุนศึกเหล่านี้ โดยมีเป้าหมายพิชิตเหนือตระกูลอื่นและอ้างสิทธิ์ปกครองเหนือญี่ปุ่น รุ่นมาตรฐานของเกมจะมีตระกูลให้เลือกเล่นอยู่แปดตระกูล (ในโหมดฝึกเล่นจะมีตระกูลที่เก้าเข้ามาด้วย) แต่ละตระกูลจะเริ่มเกมที่ตำแหน่งแตกต่างกันและมีความเข้มแข็งทางการเมืองและทางทหารแตกต่างกัน[1][2]

ตัวเกมเปลี่ยนท้องเรื่องจากยุโรปในเกมโททัลวอร์ก่อนหน้า และกลับมาสู่ท้องเรื่องแรกในซีรีส์โททัลวอร์ แต่ได้มีการเปลี่ยนแปลงรูปแบบการเล่นของโชกุน 2 ถึงแก่น ตัวอย่างเช่น เพื่อสะท้อนถึงลักษณะการทำสงครามในเอเชียตะวันออก ปัญญาประดิษฐ์ของเกมจึงถูกออกแบบมาตามหลักตำราพิชัยสงครามของซุนวู และเช่นเดียวกัน เมื่อเปรียบเทียบกับเกม เอ็มไพร์: โททัลวอร์ ที่ครอบคลุมเกือบทั้งโลก เกมใหม่นี้เน้นเฉพาะหมู่เกาะญี่ปุ่น (ยกเว้น ฮอกไกโด) และลดจำนวนประเภทยูนิตลง[1]